Музејот е комплексна институција која вклучува оддели за: биологија, археологија, етнологија, историја, историја на уметност, како и оддел за образование и маркетинг.

Основач на музејот бил Никола Незлобински, Русин, кој дошол во Струга во 1924 година како лекар за да помогне во борбата против маларијата. Тој исто така бил љубител на природата и кога дојде во Струга, започнал да лови, но и да собира и полне инсекти, птици и многу други животни. Во 1928 година тој ја претставил првата зоолошка колекција што ги постави темелите на Природонаучниот музеј од Струга. Во негова чест, музејот го носи неговото име. Доктор Незлобински уживаше голема почит кај граѓаните и поради неговите социјални достигнувања беше прогласен за почесен граѓанин на градот Струга. Неговите остатоци почиваат во Алејата на достојни граѓани на струшките гробишта заедно со посмртните останки на неговата сопруга Софија. Музејот е единствен презентер на природното и културното наследство на регионот на Охридското Езеро – Список на светско наследство на УНЕСКО.